Fakültemiz, 21 Ocak 1975 tarihinde Ankara İktisadi Ticari İlimler Akademisi’ne bağlı olarak Muğla İşletmecilik Yüksekokulu adı ile kurulmuş, 1982 yılından itibaren Dokuz Eylül Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Muğla İşletmecilik Yüksekokulu olarak faaliyetlerine devam etmiş olup; 1992’de kurulan Muğla Üniversitesi’nde adı ve bağlantısı değiştirilerek İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesine dönüştürülmüştür. Lisans düzeyinde eğitim öğretim yapan fakültemizde, 1992–1993 eğitim-öğretim yılında sadece İşletme Bölümü bulunurken 1993–1994 eğitim-öğretim yılında İktisat Bölümü ve bu bölümlerin ikinci öğretimleri devreye girmiştir. 1995–1996 eğitim-öğretim yılında Kamu Yönetimi Bölümü açılmıştır. Fakültemizde halen İşletme, İşletme İkinci Öğretim, İktisat, İktisat İkinci Öğretim, Kamu Yönetimi, Kamu Yönetimi İkinci Öğretim ve Çalışma Ekonomisi ve Endüstri İlişkileri Bölümlerinde eğitim öğretim faaliyetleri devam etmektedir. 1999–2000 eğitim-öğretim yılından itibaren ikinci öğretimler kaldırıldığından 1.sınıflara öğrenci kabul edilmemiştir. Ancak 2001–2002 eğitim-öğretim yılı başından itibaren İktisat, İşletme ve Kamu Yönetimi Bölümlerinin ikinci öğretimlerine tekrar öğrenci kabul edilmiştir. Fakültemiz bünyesinde bulunan Maliye Bölümü ve Uluslararası İlişkiler Bölümlerinde ise henüz eğitim öğretim yapılmamaktadır. Fakültemiz, bilim ve teknolojinin hızla değiştiği, dolayısıyla ekonomik ve sosyal değişimin de kaçınılmaz olduğu çağımızda, Türkiye’nin ve dünyanın değişen ve gelişen ekonomik, sosyal, sosyal, teknolojik olaylarını takip etmek, uygulamak, bu alanda ihtiyaç duyulan iyi eğitim almış yönetici ve uzmanları yetiştirmek amacını taşımaktadır.
Fakültemizde fiilen görev yapan akademik personel sayısı 1992’de 31 iken 2005 yılında 71'e ulaşmıştır. Bu personelden 3 araştırma görevlisi 2547 sayılı kanunun 35.maddesi uyarınca başka üniversitelerde öğrenimlerini sürdürmektedir. 12 Araştırma Görevlisi ise Enstitü kadrosunda olup, 2547 sayılı kanunun 13/b–4 maddesi uyarınca Fakültemizde görev yapmaktadır. Fakültemizde fiilen 15’i personel, 7 de Vakıf personeli görev yapmaktadır. Fakültemizde kuruluşundan bugüne kadar 7 Dekan görev yapmıştır. Fakültemiz 1999–2003 yılları arasında 6 katlı derslik bloğu, 6 katlı idari blok ve 2 şer katlı 2 adet amfi bloğundan oluşan 16980 m² kapalı alana sahip binalarda eğitim-öğretimini sürdürmüş, 2003–2004 eğitim-öğretim başından itibaren ise Sayın Sıtkı KOÇMAN tarafından yaptırılan 2 katlı derslik bloğu ve 3 katlı idari bloktan oluşan 7383 m² kapalı alana sahip binalara taşınmıştır.